вторник, 20 октября 2015 г.

Инсталляция библиотек R функций VariantTools и VariantAnnotation в среде операционной системы Linux Ubuntu.

Библиотеки VariantTools и VariantAnnotation являются собраниями R функций, с помощью которых можно проводить разнообразные манипуляции со структурными вариациями генома – от идентификации сайтов структурных вариаций по данным NGS до аннотирования таких сайтов. В виде исходного кода библиотеки могут быть получены с официального сайта проекта Bioconductor, а библиотека VariantAnnotation доступна еще и в виде бинарного пакета под Windows.
При работе в операционной системе Linux Ubuntu (или аналогичной) большинство библиотек R функций устанавливаются одним из стандартных путей: либо с помощью функции biocLite (если библиотека находится под «опекой» Bioconductor), либо с помощью более универсальной функции install.packages (если библиотека находится в каком-нибудь ином, чем Bioconductor, репозитории, например, CRAN), - причем напрямую из рабочего пространства R среды. Однако в случае с библиотеками VariantTools и VariantAnnotation ни один из этих путей напрямую не сработает. Это связано с зависимостью указанных библиотек от библиотеки rtracklayer. В свою очередь библиотека rtracklayer зависит от библиотек XML и RCurl. Обычно такого рода зависимости при установке библиотек R функций учитываются автоматически, но не на этот раз. Поэтому для успешной установки библиотек VariantTools и VariantAnnotation первоначально необходимо инсталлировать на компьютере пакеты r-cran-xml и libcurl4-gnutls-dev:

sudo apt-get install r-cran-xml
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev

Далее можно запустить R-консоль и установить критические зависимости библиотеки VariantTools:

packages = c(“XML", "RCurl", "rtracklayer")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(packages)

Теперь можно установить и саму библиотеку VariantTools (библиотека VariantAnnotation является зависимостью библиотеки VariantTools, так что она будет установлена автоматически):

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("VariantTools")

Вот, собственно говоря, и все. Следует отметить, что описанная выше простота в установке является кажущейся, так как незнание первого этапа может попортить немало нервов. А так теперь можно воспользоваться широкими возможностями, предоставляемыми библиотеками VariantTools и VariantAnnotation, и не изобретать заново велосипед.
В завершение этого сообщения хочу выразить благодарность Петру Назарову (Genomics Research Laboratory of the Department of Oncology, Luxembourg Institute of HealthStrassen, Luxembourg) за консультативную помощь в работе с библиотеками VariantTools и VariantAnnotation.

Комментариев нет:

Отправить комментарий