Библиотеки VariantTools и VariantAnnotation являются
собраниями R функций, с
помощью которых можно проводить разнообразные манипуляции со структурными
вариациями генома – от идентификации сайтов структурных вариаций по данным NGS до
аннотирования таких сайтов. В виде исходного кода библиотеки могут быть получены с официального сайта
проекта Bioconductor, а
библиотека VariantAnnotation доступна еще
и в виде бинарного пакета под Windows.
При работе в
операционной системе Linux Ubuntu (или аналогичной) большинство библиотек R функций
устанавливаются одним из стандартных путей: либо с помощью функции biocLite (если библиотека находится под «опекой» Bioconductor), либо с помощью более
универсальной функции install.packages (если библиотека
находится в каком-нибудь ином, чем Bioconductor, репозитории, например, CRAN), - причем напрямую из рабочего
пространства R среды.
Однако в случае с библиотеками VariantTools и VariantAnnotation ни один из этих путей напрямую не
сработает. Это связано с зависимостью указанных библиотек от библиотеки rtracklayer. В свою очередь библиотека rtracklayer зависит от библиотек XML и RCurl. Обычно такого рода зависимости при установке
библиотек R функций
учитываются автоматически, но не на этот раз. Поэтому для успешной установки
библиотек VariantTools и VariantAnnotation первоначально необходимо инсталлировать на компьютере
пакеты r-cran-xml и libcurl4-gnutls-dev:
sudo apt-get install r-cran-xml
sudo apt-get install
libcurl4-gnutls-dev
Далее можно запустить
R-консоль
и установить критические зависимости библиотеки VariantTools:
packages = c(“XML", "RCurl", "rtracklayer")
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(packages)
Теперь можно установить и саму библиотеку VariantTools (библиотека VariantAnnotation является зависимостью библиотеки VariantTools, так что она будет установлена автоматически):
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("VariantTools")
Вот, собственно
говоря, и все. Следует отметить, что описанная выше простота в установке
является кажущейся, так как незнание первого этапа может попортить немало
нервов. А так теперь можно воспользоваться широкими возможностями,
предоставляемыми библиотеками VariantTools и VariantAnnotation, и
не изобретать заново велосипед.
В завершение этого
сообщения хочу выразить благодарность Петру Назарову (Genomics Research Laboratory of the
Department of
Oncology, Luxembourg Institute of Health, Strassen, Luxembourg) за консультативную помощь в работе с библиотеками
VariantTools и VariantAnnotation.
Комментариев нет:
Отправить комментарий