среда, 17 февраля 2016 г.

Новости из мира РНК.

То, что альтернативный сплайсинг может приводить к образованию существенно различающихся по своим структурным и функциональным возможностям белков стало известно еще лет 20-25 назад. Классический пример тому – последствия альтернативного сплайсинга предшественников мРНК гена BCL2L1 (он же BCL-X). Благодаря альтернативному сплайсингу этот ген дает две изоформы Bcl-2-подобного белка 1 – длинную и короткую, которые обладают анти- и про-апоптотической активностью, соответственно. Известны и еще примеры, но они не так уж и многочисленны, и меня все время терзали смутные сомнения – а действительно ли это распространенное явление или же на самом деле речь идет об единичных случаях?
Но вот в свежем номере журнала Cell (номер 4 тома 164 за 2016 год) были опубликованы результаты системной работы “Widespread expansion of protein interaction capabilities by alternative splicing, проведенной исследователями из США, Канады, Китая, Швеции и Испании. Результаты этой работы основаны на изучении функционального потенциала альтернативных РНК-продуктов около 1500 генов, экспрессирующихся в 5 разных тканях человека. Что бы выяснить, к каким последствиям может привести альтернативный сплайсинг в плане межбелковых взаимодействий и функциональной активности кодируемых этими генами белков исследователи использовали двух-гибридную дрожжевую систему, белковый комплементарный анализ (protein complementation assay, PCA) в клетках линии HEK293T и Вестерн-блоттинг. И результаты таковы, что для многих белков, образующихся при трансляции альтернативных молекул мРНК одного и того же гена, авторы предлагают использовать термин “функциональные аллоформы” вместо общепринятого “функциональные изоформы” – функционально такие белки могут настолько отличаться друг от друга, что скорее похожи на продукты разных генов, нежели одного.


Сравнительный потенциал к взаимодействию у белков, образующихся при трансляции разных альтернативных форм мРНК одного и того же гена (источник: Yang X. et al. Widespread expansion of protein interaction capabilities by alternative splicing. // Cell. 2016
Feb 11;164(4):805-17. doi: 10.1016/j.cell.2016.01.029).

На сайте проекта Bioconductor выложена в сводный доступ библиотека R-функций ReactomePA, написанная исследователями Guangchuang Yua и Qing-Yu He из Цзинаньского университета (Китай). Библиотека расширяет возможности по анализу реактома, в частности, позволяет проводить анализ обогащения в больших массивах биологических данных (включая данные RNAseq) с использованием гипергеометрического теста и GSEA (gene set enrichment analysis). Результаты функционального анализа могут быть сопоставлены с геномными координатами, цис-элементами и межгенными участками генома. К достоинствам библиотеки также относится возможность проводить сравнение данных, полученных в разных исследованиях, и визуализировать результаты анализа. На соответствующей страничке Bioconductor имеются ссылки на виньетку и классическое руководство пользователя. Кроме того, краткое описание возможностей библиотеки дано в свежем номере журнала Molecular BioSystems.

Фрагмент реактома человека
(источник: Yu G., He Q. Y. ReactomePA: an R/Bioconductor package for reactome pathway analysis and visualization. // Molecular BioSystems 2016, 12:477-479. doi: 10.1039/C5MB00663E).

Комментариев нет:

Отправить комментарий