пятница, 1 июля 2016 г.

Ресурсы по высокопроизводительному секвенированию.

Данный раздел будет содержать краткую информацию о разнообразных ресурсах, касающихся высокопроизводительного секвенирования, или NGS (акроним от англ. Next Generation Sequencing). Первоначальный вариант оформления, который будет использован для решения поставленной задачи, я решил свести к обычной таблице. Эта таблица будет заполняться постепенно, по мере нахождения и оформления соответствующей информации. Более того, возможно в будущем необходимо будет поменять дизайн этой страницы, но это в будущем.
Ресурс
Источник
Краткое описание
Базы данных
(акроним от англ. European Nucleotide Archive)
http://www.ebi.ac.uk/ena
Ресурс предоставляет свободный доступ к мировой коллекции нуклеотидных последовательностей, включая первичные данные (“сырые данные” или raw data), сборки сиквенсов и функциональную аннотацию.
ENCODE
(акроним от англ. Encyclopedia of DNA Elements)
https://www.encodeproject.org
Ресурс предоставляет свободный доступ к разнообразным данным, которые были получены международным консорциумом ENCODE с помощью высокопроизводительных технологий, включая NGS технологии.
(акроним от англ. Gene Expression Omnibus)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
Один из самых обширных репозиториев, где в свободном доступе находятся данные, полученные с помощью разнообразных микроэррей-платформ и технологий высокопроизводительного секвенирования. База снабжена несколькими инструментами для поиска, первичного анализа и скачивания данных.
IGSR
(акроним от англ. International Genome Sample Resource)
http://www.1000genomes.org
Ресурс предоставляет свободный доступ к NGS данным, которые были сгенерированы международным консорциумом 1000 Genomes Project в период с 2008 по 2015 годы.
(акроним от англ. Sequence Read Archive)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
Архив содержит большой объем первичных, а также обработанных данных, полученных на таких платформах для высокопроизводительного секвенирования, как Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Applied Biosystems SOLiD System®, Helicos Heliscope®, Complete Genomics® и Pacific Biosciences SMRT®.
Геномные обозреватели
http://www.ensembl.org
Геномный обозреватель разработан и поддерживается сотрудниками European Bioinformatics Institute и Wellcome Trust Sanger Institute. Обозреватель позволяет создавать пользовательские треки на основе файлов в форматах BAM/CRAM, BED, BedGraph, BigBed, BigWig, GFF, GTF, PSL, VCF, WashU и WIG.
https://www.broadinstitute.org/igv
Интегрированный геномный обозреватель, который устанавливается на локальный компьютер и позволяет работать с разнообразными форматами файлов, включая BAM, BED, BigBed, BigWig, GFF, GTF и WIG.
https://genome.ucsc.edu
Геномный обозреватель разработан и поддерживается сотрудниками Genome Bioinformatics Group из Genomics Institute при University of California (Santa Cruz). Обозреватель позволяет создавать пользовательские треки на основе файлов в форматах BAM, BED, BEDdetail, BedGraph, BigBed, BigGenePred, BigWig, broadPeak, GFF, GTF, MAF, narrowPeak, Personal Genome SNP, PSL, VCF и WIG.

Комментариев нет:

Отправить комментарий